A társaság folyamatban lévő perei:
1. Fővárosi Bíróság 8.P.20.497/2007. sz. (a bíróság elnevezése 2012. január 1-jével Fővárosi Törvényszékre változott)
Felperes: PHYLAXIA 1912. Holding Nyrt., alperes: Ceva-Phylaxia Zrt. (1107 Budapest, Szállás u. 5.)
A per tárgya: fizetési kötelezettség teljesítése. A pert felperes 2001-ben indította a felek közt 1991-ben létrejött Licenciaszerződés szerinti, a felperesi vakcina-szabadalmak magyarországi hasznosítása ellenében járó, alperes által nem teljesített licenciadíj megfizetése iránt. A licencia díj megfizetése iránt indított perben 2011. április 20. napján az elsőfokú bíróság az alperest 128.383.054 Ft + ÁFA összegű licenciadíj és ennek 2000. január 1. napjától számított késedelmi kamata megfizetésére kötelezte és az alperes beszámítási kifogását 3.575.812 Ft tekintetében elutasította.
Az alperes fellebbezése folytán eljáró másodfokú bíróság (Fővárosi Ítélőtábla
8.Pf.21.393/2011.) 2012. január 26. napján az alperes kötelezését 43.051.840 Ft-ra és járulékaira leszállította. A PHYLAXIA 1912. Holding Nyrt. a másodfokú ítélet ellen felülvizsgálati kérelmet terjesztett elő a Kúriához. A Kúria (ügyszám: Pfv.IV.20.671/2012.) a felülvizsgálati tárgyalást 2012. november 7. napjára tűzte ki.